MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Escherichia coli JJ1886 plasmid pJJ1886_3

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022662	ATC	2	6	73	78	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_022662	CTCC	2	8	97	104	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
3	NC_022662	TCT	2	6	195	200	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_022662	GGGCT	2	10	233	242	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_022662	C	6	6	254	259	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
6	NC_022662	CTG	2	6	271	276	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_022662	GCA	2	6	339	344	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_022662	AG	3	6	376	381	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022662	AGA	2	6	415	420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022662	T	6	6	514	519	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022662	GCA	2	6	529	534	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_022662	A	7	7	547	553	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022662	GC	3	6	623	628	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
14	NC_022662	T	6	6	672	677	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022662	G	6	6	709	714	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022662	CTC	2	6	735	740	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	556579592
17	NC_022662	AAC	2	6	826	831	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	556579592
18	NC_022662	AAT	2	6	841	846	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	556579592
19	NC_022662	ACA	2	6	866	871	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	556579592
20	NC_022662	A	6	6	931	936	100 %	0 %	0 %	0 %	556579592
21	NC_022662	A	6	6	956	961	100 %	0 %	0 %	0 %	556579592
22	NC_022662	AAT	2	6	963	968	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	556579592
23	NC_022662	TGA	2	6	993	998	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	556579592
24	NC_022662	AAT	2	6	1057	1062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	556579592
25	NC_022662	TAA	2	6	1082	1087	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	556579592
26	NC_022662	AAC	2	6	1101	1106	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	556579592
27	NC_022662	TGC	2	6	1113	1118	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	556579592
28	NC_022662	AC	3	6	1124	1129	50 %	0 %	0 %	50 %	556579592
29	NC_022662	CAA	3	9	1133	1141	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	556579592
30	NC_022662	CAA	2	6	1151	1156	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	556579592
31	NC_022662	TAT	2	6	1157	1162	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	556579592
32	NC_022662	CAA	2	6	1205	1210	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	556579592
33	NC_022662	AATT	2	8	1247	1254	50 %	50 %	0 %	0 %	556579592
34	NC_022662	ACA	2	6	1277	1282	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	556579592
35	NC_022662	A	6	6	1307	1312	100 %	0 %	0 %	0 %	556579592
36	NC_022662	CTG	2	6	1328	1333	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	556579592
37	NC_022662	AAATA	2	10	1334	1343	80 %	20 %	0 %	0 %	556579592
38	NC_022662	T	7	7	1431	1437	0 %	100 %	0 %	0 %	556579592
39	NC_022662	TTC	2	6	1515	1520	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	556579592
40	NC_022662	T	6	6	1527	1532	0 %	100 %	0 %	0 %	556579592
41	NC_022662	C	6	6	1550	1555	0 %	0 %	0 %	100 %	556579592
42	NC_022662	GCT	2	6	1564	1569	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	556579592
43	NC_022662	A	6	6	1570	1575	100 %	0 %	0 %	0 %	556579592
44	NC_022662	ATC	2	6	1603	1608	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	556579592
45	NC_022662	GTTT	2	8	1626	1633	0 %	75 %	25 %	0 %	556579593
46	NC_022662	A	6	6	1660	1665	100 %	0 %	0 %	0 %	556579593
47	NC_022662	CAT	2	6	1674	1679	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	556579593
48	NC_022662	ATA	2	6	1705	1710	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	556579593
49	NC_022662	ATC	2	6	1714	1719	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	556579593
50	NC_022662	TAA	2	6	1862	1867	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	556579593
51	NC_022662	TGT	2	6	1927	1932	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	556579593
52	NC_022662	ACCC	2	8	1956	1963	25 %	0 %	0 %	75 %	556579593
53	NC_022662	TTC	2	6	2097	2102	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	556579593
54	NC_022662	AGA	2	6	2128	2133	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	556579593
55	NC_022662	A	6	6	2136	2141	100 %	0 %	0 %	0 %	556579593
56	NC_022662	TA	3	6	2157	2162	50 %	50 %	0 %	0 %	556579593
57	NC_022662	AT	3	6	2255	2260	50 %	50 %	0 %	0 %	556579593
58	NC_022662	AATAA	2	10	2314	2323	80 %	20 %	0 %	0 %	556579593
59	NC_022662	CCTCT	2	10	2340	2349	0 %	40 %	0 %	60 %	556579593
60	NC_022662	A	6	6	2387	2392	100 %	0 %	0 %	0 %	556579593
61	NC_022662	CAAA	2	8	2394	2401	75 %	0 %	0 %	25 %	556579593
62	NC_022662	CAT	3	9	2406	2414	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	556579593
63	NC_022662	TA	3	6	2415	2420	50 %	50 %	0 %	0 %	556579593
64	NC_022662	CTTG	2	8	2470	2477	0 %	50 %	25 %	25 %	556579593
65	NC_022662	ATGA	2	8	2568	2575	50 %	25 %	25 %	0 %	556579593
66	NC_022662	GAT	2	6	2609	2614	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	556579593
67	NC_022662	TTTA	2	8	2626	2633	25 %	75 %	0 %	0 %	556579593
68	NC_022662	GTT	2	6	2637	2642	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	556579593
69	NC_022662	AT	3	6	2675	2680	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022662	T	7	7	2680	2686	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022662	TATT	2	8	2706	2713	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022662	TAT	2	6	2736	2741	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022662	A	7	7	2757	2763	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_022662	ATT	2	6	2766	2771	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022662	GTT	2	6	2786	2791	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022662	TCCT	2	8	2800	2807	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_022662	GCA	2	6	2876	2881	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	556579594
78	NC_022662	CAA	2	6	2897	2902	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	556579594
79	NC_022662	ACC	2	6	2903	2908	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	556579594
80	NC_022662	CGCTCC	2	12	3078	3089	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	556579595
81	NC_022662	CGCT	2	8	3176	3183	0 %	25 %	25 %	50 %	556579595
82	NC_022662	TGC	2	6	3188	3193	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	556579595
83	NC_022662	CTG	2	6	3196	3201	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	556579595
84	NC_022662	ACGC	2	8	3487	3494	25 %	0 %	25 %	50 %	556579595
85	NC_022662	CT	3	6	3524	3529	0 %	50 %	0 %	50 %	556579595
86	NC_022662	ATATTC	2	12	3545	3556	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	556579595
87	NC_022662	CAG	2	6	3583	3588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	556579595
88	NC_022662	CAGCCA	2	12	3628	3639	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	556579595
89	NC_022662	CAG	2	6	3715	3720	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	556579595
90	NC_022662	TGT	2	6	3733	3738	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	556579595
91	NC_022662	TTC	2	6	3799	3804	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	556579595
92	NC_022662	TCG	2	6	3818	3823	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	556579595
93	NC_022662	CT	4	8	3849	3856	0 %	50 %	0 %	50 %	556579595
94	NC_022662	TCC	2	6	3928	3933	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	556579595
95	NC_022662	TC	3	6	4033	4038	0 %	50 %	0 %	50 %	556579595
96	NC_022662	GTTTC	2	10	4090	4099	0 %	60 %	20 %	20 %	556579595
97	NC_022662	CGG	2	6	4128	4133	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	556579595
98	NC_022662	GTA	2	6	4220	4225	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	556579595
99	NC_022662	CCAC	2	8	4306	4313	25 %	0 %	0 %	75 %	556579595
100	NC_022662	GGC	2	6	4392	4397	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	556579595
101	NC_022662	TTC	2	6	4437	4442	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	556579595
102	NC_022662	CAG	2	6	4529	4534	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	556579595
103	NC_022662	CCA	2	6	4554	4559	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	556579595
104	NC_022662	ATC	2	6	4587	4592	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	556579595
105	NC_022662	CCA	2	6	4661	4666	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	556579596
106	NC_022662	GGC	2	6	4740	4745	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	556579596
107	NC_022662	CGG	2	6	4761	4766	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	556579596
108	NC_022662	CGC	2	6	4819	4824	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	556579596
109	NC_022662	GTT	2	6	4838	4843	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	556579596
110	NC_022662	TCA	3	9	4876	4884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	556579596
111	NC_022662	C	7	7	4946	4952	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
112	NC_022662	A	6	6	4982	4987	100 %	0 %	0 %	0 %	556579597
113	NC_022662	TCA	2	6	5009	5014	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	556579597
114	NC_022662	GCT	2	6	5031	5036	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	556579597
115	NC_022662	GCG	2	6	5456	5461	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_022662	A	6	6	5540	5545	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_022662	C	6	6	5595	5600	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.